R起動時の設定を少しいじったら嵌ったメモ。
.Rprofileでtidyverseをロードしているのに、名前空間指定なしでfilterとするとstats::filterから呼ばれる。 dplyr系関数は使用頻度が高いので、安全だからといってdplyr::filterと繰り返し書くのは少し面倒。
# .Rprofile or Rprofile.site
library(tidyverse)iris %>% filter(Species == "setosa") %>% head(3)
#> Error in filter(., Species == "setosa") : object 'Species' not found
iris %>% dplyr::filter(Species == "setosa") %>% head(3)
#> Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
#> 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
#> 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
#> 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
tidyverse_conflicts()
#> ── Conflicts ─────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
#> ✖ stats::filter() masks dplyr::filter()
#> ✖ stats::lag() masks dplyr::lag()タイミングがわからないが、tidyverseをロードしたあとにstatsがロードされて上書きされる。 応急処置として、.RprofileまたはRprofile.siteで先にstatsをロードすると解決する。 MASS::selectとdplyr::selectでも同様のことが稀に起こるので先手を打つ。
必須パッケージを絞り、conflictを考慮してRprofile.siteを確定する。
# /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Rprofile.site
library(stats) # to suppress filter() conflict
library(MASS) # to suppress select() conflict
library(magrittr)
library(knitr)
library(broom)
library(tidyverse)
library(devtools)conflict情報は以下の通り。
tidyverse_conflicts()## ── Conflicts ─────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ tidyr::extract() masks magrittr::extract()
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
## ✖ dplyr::select() masks MASS::select()
## ✖ purrr::set_names() masks magrittr::set_names()名前空間指定なしでもdplyr::filterが呼ばれることを確認。
filter## function (.data, ...)
## {
## UseMethod("filter")
## }
## <bytecode: 0x7ffa85ebdc70>
## <environment: namespace:dplyr>新たにパッケージを入れてそれをロードすると同様の問題が起こるので、対症療法でしかない。 しばらくこれで使って、さらに上書きするパッケージがあればRprofile.siteに追加する。 理想的には、関数を他のパッケージからmaskさせないように守る関数を組むのがよさそう。
Session Info
devtools::session_info()## setting value
## version R version 3.5.0 (2018-04-23)
## system x86_64, darwin15.6.0
## ui X11
## language (EN)
## collate en_US.UTF-8
## tz Australia/Brisbane
## date 2018-06-29
##
## package * version date source
## assertthat 0.2.0 2017-04-11 CRAN (R 3.5.0)
## backports 1.1.2 2017-12-13 CRAN (R 3.5.0)
## base * 3.5.0 2018-04-24 local
## bindr 0.1.1 2018-03-13 CRAN (R 3.5.0)
## bindrcpp 0.2.2 2018-03-29 CRAN (R 3.5.0)
## blogdown 0.6 2018-04-18 CRAN (R 3.5.0)
## bookdown 0.7 2018-02-18 CRAN (R 3.5.0)
## broom * 0.4.4.9000 2018-06-21 Github (tidyverse/broom@2721de4)
## cellranger 1.1.0 2016-07-27 CRAN (R 3.5.0)
## cli 1.0.0 2017-11-05 CRAN (R 3.5.0)
## colorspace 1.3-2 2016-12-14 CRAN (R 3.5.0)
## compiler 3.5.0 2018-04-24 local
## crayon 1.3.4 2017-09-16 CRAN (R 3.5.0)
## datasets * 3.5.0 2018-04-24 local
## devtools * 1.13.5 2018-02-18 CRAN (R 3.5.0)
## digest 0.6.15 2018-01-28 CRAN (R 3.5.0)
## dplyr * 0.7.5 2018-05-19 CRAN (R 3.5.0)
## evaluate 0.10.1 2017-06-24 CRAN (R 3.5.0)
## forcats * 0.3.0 2018-02-19 CRAN (R 3.5.0)
## ggplot2 * 2.2.1.9000 2018-06-25 Github (tidyverse/ggplot2@1c09bae)
## glue 1.2.0 2017-10-29 CRAN (R 3.5.0)
## graphics * 3.5.0 2018-04-24 local
## grDevices * 3.5.0 2018-04-24 local
## grid 3.5.0 2018-04-24 local
## gtable 0.2.0 2016-02-26 CRAN (R 3.5.0)
## haven 1.1.1 2018-01-18 CRAN (R 3.5.0)
## hms 0.4.2 2018-03-10 CRAN (R 3.5.0)
## htmltools 0.3.6 2017-04-28 CRAN (R 3.5.0)
## httr 1.3.1 2017-08-20 CRAN (R 3.5.0)
## jsonlite 1.5 2017-06-01 CRAN (R 3.5.0)
## knitr * 1.20 2018-02-20 CRAN (R 3.5.0)
## lattice 0.20-35 2017-03-25 CRAN (R 3.5.0)
## lazyeval 0.2.1 2017-10-29 CRAN (R 3.5.0)
## lubridate 1.7.4 2018-04-11 CRAN (R 3.5.0)
## magrittr * 1.5 2014-11-22 CRAN (R 3.5.0)
## MASS * 7.3-49 2018-02-23 CRAN (R 3.5.0)
## memoise 1.1.0 2017-04-21 CRAN (R 3.5.0)
## methods * 3.5.0 2018-04-24 local
## modelr 0.1.2 2018-05-11 cran (@0.1.2)
## munsell 0.4.3 2016-02-13 CRAN (R 3.5.0)
## nlme 3.1-137 2018-04-07 CRAN (R 3.5.0)
## pillar 1.2.3 2018-05-25 cran (@1.2.3)
## pkgconfig 2.0.1 2017-03-21 CRAN (R 3.5.0)
## plyr 1.8.4 2016-06-08 CRAN (R 3.5.0)
## purrr * 0.2.5 2018-05-29 CRAN (R 3.5.0)
## R6 2.2.2 2017-06-17 CRAN (R 3.5.0)
## Rcpp 0.12.17 2018-05-18 cran (@0.12.17)
## readr * 1.1.1 2017-05-16 CRAN (R 3.5.0)
## readxl 1.1.0 2018-04-20 CRAN (R 3.5.0)
## reshape2 1.4.3 2017-12-11 CRAN (R 3.5.0)
## rlang 0.2.1 2018-05-30 cran (@0.2.1)
## rmarkdown 1.10 2018-06-11 cran (@1.10)
## rprojroot 1.3-2 2018-01-03 CRAN (R 3.5.0)
## rstudioapi 0.7 2017-09-07 CRAN (R 3.5.0)
## rvest 0.3.2 2016-06-17 CRAN (R 3.5.0)
## scales 0.5.0 2017-08-24 CRAN (R 3.5.0)
## stats * 3.5.0 2018-04-24 local
## stringi 1.2.2 2018-05-02 cran (@1.2.2)
## stringr * 1.3.1 2018-05-10 cran (@1.3.1)
## tibble * 1.4.2 2018-01-22 CRAN (R 3.5.0)
## tidyr * 0.8.1 2018-05-18 cran (@0.8.1)
## tidyselect 0.2.4 2018-02-26 CRAN (R 3.5.0)
## tidyverse * 1.2.1 2017-11-14 CRAN (R 3.5.0)
## tools 3.5.0 2018-04-24 local
## utils * 3.5.0 2018-04-24 local
## withr 2.1.2 2018-03-15 CRAN (R 3.5.0)
## xfun 0.1 2018-01-22 CRAN (R 3.5.0)
## xml2 1.2.0 2018-01-24 CRAN (R 3.5.0)
## yaml 2.1.19 2018-05-01 cran (@2.1.19)