knitr equation (数式に連番をつけて本文で呼び出す)

連番作成用に関数を組む

EqnNum_count <- 0
head <- "Eqn."

EqnNum <-
  function(head){
    EqnNum_count <<- EqnNum_count + 1
    return(paste0(head, EqnNum_count))
  }

ChapterごとにEqnNum_countを初期化し、headを“Eqn. ChapX-”のように変更
クロージャを使うとよりよいはず

.Rmdに書き込む

$$
  P_{\rm{g}} = \displaystyle \sum^{i = n}_{i = 1} P_{\lambda, i} \times E_{\lambda, i} \tag{`r EqnNum(head)`}
  \label{McCree1972}
$$

$$
  \rm{ETR} \propto \rm{PPFD} \times \alpha \times \Phi_{\rm{PSII}}
  \tag{`r EqnNum(head)`}
  \label{Genty1989}
$$

総光合成速度 (*P*<sub>g</sub>) を推定する2つの数式 (\ref{McCree1972}, \ref{Genty1989})  

knitする

\[ P_{\rm{g}} = \displaystyle \sum^{i = n}_{i = 1} P_{\lambda, i} \times E_{\lambda, i} \tag{Eqn.1} \label{McCree1972} \]

\[ \rm{ETR} \propto \rm{PPFD} \times \alpha \times \Phi_{\rm{PSII}} \tag{Eqn.2} \label{Genty1989} \]

総光合成速度 (P_g) を推定する2つの数式 (, ) ←ローカル環境ではリンク表示

雑感

• \label{}を追加すると、Rstudioの数式プレビューが機能しなくなる
  
• jekyll×GitHub Pagesの仕組みをもう少し理解する

参考

論文投稿規程で学ぶ「てふ」スキル
クロージャってどんなときに使うの？ ～ 利用場面を ３つ 挙げてみる
McCree KJ. 1972. Plant Physiol. 49: 704–706.
Genty B, Briantais J-M, Baker NR. 1989. Biochim. Biophys. Acta 990: 87–92.