引用文献の管理 (bibtex)
論文に引用文献リストをさくっと挿入したい (メモ)
Rmd+knitrで論文を書いている
- 論文をダウンロードするときに、その論文の情報をbibtex形式 (.bib) でダウンロードする
- .bibファイルはGoogle Scholar、ジャーナルの公式ページなどでダウンロード可能
- .bibの例
@article {Murakami_et_al2016PhysiolPlant,
author = {Murakami, Keach and Matsuda, Ryo and Fujiwara, Kazuhiro},
title = {Interaction between the spectral photon flux density distributions of light during growth and for measurements in net photosynthetic rates of cucumber leaves},
journal = {Physiologia Plantarum},
publisher = {Blackwell Publishing Ltd},
issn = {1399-3054},
url = {http://dx.doi.org/10.1111/ppl.12421},
doi = {10.1111/ppl.12421},
pages = {n/a--n/a},
year = {2016},
}
- 論文たちの.bibを１つのフォルダにためていく
- フォルダ内の全bibファイルを結合し、カレントフォルダにList.bibとして作成
# 作業フォルダの確認
system("pwd")
# bibtex用フォルダの中から拡張子がbibのものを正規表現で選択してmerge
system("cat ~/Dropbox/Paper/*.bib > List.bib")
# 関数化してknit時に呼ぶのがいい？
# そんなに頻繁には使わないので、とりあえず都度打ち込み
- 論文rmdのYAMLに
bibliography: List.bibを追加 - 論文rmd中の引用したい箇所で、
@Murakami_et_al2016PhysiolPlantのように記述 - 論文rmd中で
# Referencesと書いてknitすると、List.bib内のの全文献のうち、rmd中で@HOGEで呼び出したものが、リスト化されて自動追加される - 論文rmdのYAMLに
csl: biomed-central.cslなどを追加し、引用文献のフォーマットを指定
博士論文の準備を始めた (気持ちだけ) ので、そのための下準備