knitr figure

knitr + Rmarkdown + pandocメモ

YAML

---
title: "MyYAML"
author: "Keach Murakami"
date: "2016-10-04 18:57:30"
bibliography: ~/GitHub/BeeLabR/BibTex/Full.bib
header-includes:
  - \setmainfont{Helvetica Neue} 
  - \usepackage{zxjatype} # 日本語を使うためのパッケージ
  - \setjamainfont{Hiragino Kaku Gothic Pro} # 日本語フォントの指定
  - \usepackage{lscape} # 図を回転するためのパッケージ
  - \newcommand{\blandscape}{\begin{landscape}} # 図回転用のbegin command
  - \newcommand{\elandscape}{\end{landscape}} # 図回転用のend command
  - \usepackage{setspace} # 行間の調節ためのパッケージ
  - \newcommand{\bdoublespace}{\begin{spacing}{1.5}} # 行間を広げるbegin command
  - \newcommand{\edoublespace}{\end{spacing}{}} # 行間を広げるbegin command
  - \usepackage{lineno} # 行番号を追加するためのパッケージ
  - \linenumbers # 行番号を追加する

output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
    toc: TRUE
    toc_depth: 3
    fig_caption: TRUE
  html_document:
    theme: sandstone
    self_contained: TRUE
    fig_caption: TRUE
---

行番号をつける・ダブルスペースにする

Set double spacing and line numbers when converting from Markdown to PDF with pandoc

Setup chunk

# knitrごとに読み込まれているオブジェクトを全消去
rm(list = ls())

# ggplotの作図用。デフォルトの大きさを指定
base_size_default <- 12 

# 数式・図・表にオートで番号付け
devtools::source_url("https://raw.githubusercontent.com/KeachMurakami/Sources/master/TeX_accessory.R")
EqnHead <- "4-"
FigHead <- "Fig. 4-"
TableHead <- "Table 4-"

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.width = 5, fig.height = 5,
                      out.width = '500pixel', out.height = '500pixel', dpi = 100,
                      message = FALSE, warning = FALSE, cache = F, eval = T)

knitr + rmarkdownで図の大きさ調節

fig.width/height
- 図のプロットのサイズ
- インチ単位
out.width/height
- 図を出力した際のサイズ
- 拡大/縮小コピー的な
  - LaTeX: .8\linewidth, 3in, 8cm, 40% (= 0.4\linewidth)…
  - HTML: 300px, 5cm, 3in, 40%…
out.extra
- out.extra=’angle=90’など
- 任意文字を引数として受け取るので、自由に編集できるらしい
- html images にも使える (extra options will be written into the tag, e.g. out.extra=’style=”display:block;”’)

# {r, fig.width = 5, fig.height = 5, out.width = '50%'}
plot(sin(1:100), type = "l")

plot of chunk unnamed-chunk-2

# {r, fig.width = 2, fig.height = 2, out.width = '50%'}
# 小さく書いたのを拡大するイメージ
plot(sin(1:100), type = "l")

plot of chunk unnamed-chunk-3

# {r, fig.width = 7, fig.height = 7, out.width = '50%'}
# 大きく書いたのを縮小するイメージ
plot(sin(1:100), type = "l")

plot of chunk unnamed-chunk-4

図のキャプションにhtmlタグを直打ちする

図のキャプションに特殊文字、上付き文字、斜体を使う場合など
chunk optionにそのままhtmlタグ入りの文字列を入れると、fig.cap以下の引数が無視される

caption_html <- 
  "with html tag <i>test</i><sup>test</sup>."
caption_plain <- 
  "without html tag testtest."

knitr::opts_chunk$set(fig.width = 5)

htmlタグなしの場合のhtmlのソース
{r, fig.cap = caption_plain}

<img src="略=" alt="without html tag testtest." width="480">
<p class="caption">
without html tag testtest.
</p>

htmlタグありの場合のhtmlのソース
{r, fig.cap = caption_html}
."のあたりでタグがコンタミしているため、fig.widthに引数が届いていない

<img src="略=" alt="with html tag &lt;i&gt;test&lt;/i&gt;&lt;sup&gt;test&lt;/sup&gt;.&quot; width=“480” /&gt;
&lt;p class=" caption">
with html tag <i>test</i><sup>test</sup>.
</p>

こういうときのためにknit_hooksがある
chunkの表示だったり実行だったりを自分好みにする
setup chunkで読み込むのがよい

knitr::knit_hooks$set(html.cap = function(before, options, envir) {
  if(!before) {
    paste0('<p class="caption">', options$html.cap, "</p>")
  }
})

hookしたタグありの場合のhtmlのソース
{r, html.cap = caption_html}

<img src="略=" width="480" />
<p class="caption">
with html tag <i>test</i><sup>test</sup>.
</p>

ローカルの画像を直接貼り付ける

Drawソフトで書いた画像、あるいは写真を貼付ける、といった場合、２つの方法がある

html部にmarkdown記法 (直書き)
html部に![図のキャプション](/path/to/image)と直書きする図のキャプションをhtml書きしないといけなかったり、変数として扱えなかったり、と面倒が多い
chunk内にknitr::include_graphics

knitr::include_graphics(path = "path/to/image")

参考ページ

R markdown(knitr)パッケージのchunk optionまとめ
 Chunk options and package options
caption in the html output of knitr
How to set size for local image using knitr for markdown?

devtools::session_info()

## Session info --------------------------------------------------------------

##  setting  value                       
##  version  R version 3.3.1 (2016-06-21)
##  system   x86_64, darwin13.4.0        
##  ui       X11                         
##  language (EN)                        
##  collate  en_US.UTF-8                 
##  tz       Asia/Tokyo                  
##  date     2016-10-04

## Packages ------------------------------------------------------------------

##  package  * version date       source        
##  devtools   1.12.0  2016-06-24 CRAN (R 3.3.0)
##  digest     0.6.10  2016-08-02 cran (@0.6.10)
##  evaluate   0.9     2016-04-29 CRAN (R 3.3.1)
##  formatR    1.4     2016-05-09 CRAN (R 3.3.1)
##  knitr      1.14    2016-08-13 CRAN (R 3.3.1)
##  magrittr   1.5     2014-11-22 CRAN (R 3.3.1)
##  memoise    1.0.0   2016-01-29 CRAN (R 3.3.1)
##  stringi    1.1.1   2016-05-27 CRAN (R 3.3.1)
##  stringr    1.1.0   2016-08-19 cran (@1.1.0) 
##  withr      1.0.2   2016-06-20 CRAN (R 3.3.1)